Zertifizierten Naturbäumen werden niedrige und bedarfsabhängige Mengen von Düngemitteln zugeführt, die der Bodenqualität angepasst sind. Ein Düngeplan muss vorliegen, und der Verbrauch von Düngemitteln muss einmal jährlich gemeldet werden. Die Zufuhr von Nährstoffen wird dem Boden angepasst: Bei leichten Bodentypen werden entweder organische Düngemittel verwendet, oder es werden häufiger geringere Mengen Dünger zugeführt, um die Zufuhr der Aufnahmefähigkeit der Bäume anzupassen.
Die Klimagasemission (NH3) von Tierdünger wird mit Hilfe von Hemmstoffen, anderen Streuterminen bzw. Streumethoden begrenzt.
Insgesamt geht nur ein Mindestmaß an Nährstoffen an die Umgebung verloren, was sich auf die Trinkwasserqualität positiv auswirkt.
